Más allá de la historia, Agora narra la historia de Hipatia de Alejandría, considerada la primera gran mujer científica de la historia. Así recupera la olvidada figura de la filósofa. Al igual retrata la época de la caída del Imperio Romano y el germen del cristianismo. Su director, Alejandro Amenábar, transmite al espectador la emoción por descubrir todo lo que ocurre en el Universo y lo que significa intentar desentrañar el misterio del cosmos.
Amenábar pone a criterio del espectador, formular opinión en torno al fanatismo religioso y a los extremismos, como el ascenso del cristianismo y la lucha de esta religión con el judaísmo y el paganismo. Ya que la historia se desarrolla entorno al asesinato de la científica a manos de los cristianos allá en el siglo IV. Fue masacrada con el permiso del obispo, que en el film toma un papel de demagogo, empujó a los débiles a asesinarla, la considera como amenaza, pues la científica le refutaba sus doctrinas.
El director nos transmite la emoción de descubrir cómo funciona el universo utilizando los descubrimientos que va haciendo la protagonista y de su pasión por el conocimiento. Muestra también pautas trascendentales de la historia, pues tras la destrucción de la Biblioteca de Alejandría a la humanidad se quedó huérfana de conocimientos milenarios.
El film propone además la visión machista de la sociedad, pues al final de l película se evidencia que Hipatia es una mujer en un mundo de hombres. Es meritorio mencionar que Amenábar juega con las perspectivas para que el espectador se conecte con la historia, sobre todo con las imágenes de la Tierra desde el espacio, que a través de un zoom ubica al espectador, con imágenes, a ras de suelo.